Una sentenza “storica” quella depositata il 14 luglio 2026 dal Consiglio di Stato in merito all’annosa questione del Credito d’imposta per le attività di ricerca e sviluppo relative al periodo 2015-2019. Con la sentenza n. 5627/2026, respingendo l’appello proposto dal Ministero delle Imprese e del Made in Italy e dall’Agenzia delle Entrate contro la sentenza del Tar Lazio n. 15039/2025, il giudice d’appello conferma, in via definitiva per il grado amministrativo, l’illegittimità del diniego di certificazione opposto dal Mimit a un’impresa per il credito d’imposta ricerca e sviluppo relativo ad annualità comprese tra il 2015 e il 2019: per quel periodo, stabiliscono i giudici, la qualificazione delle attività ammissibili si valuta esclusivamente in base all’articolo 3 del decreto legge 145/2013 e al decreto interministeriale 27 maggio 2015, senza che i cinque criteri del Manuale di Frascati – diventati vincolanti solo dal 2020 – possano essere applicati retroattivamente.

La pronuncia arriva al termine di un contenzioso che dura da anni e che ha coinvolto decine di migliaia di imprese italiane, travolte da accertamenti e dinieghi di certificazione fondati sull’applicazione a ritroso di parametri – quelli contenuti nel Manuale di Frascati – inseriti formalmente nel nostro ordinamento solo successivamente.

Per capire la portata della sentenza occorre ripercorrere come è nato l’incentivo, perché è esploso il contenzioso e come si è arrivati, nel tempo, al sistema delle certificazioni.

Un incentivo nato nel 2013, la svolta normativa del 2020

Il credito d’imposta per la ricerca e sviluppo nasce con l’articolo 3 del decreto legge 145/2013, reso poi operativo dal decreto interministeriale del 27 maggio 2015. La norma individuava le attività ammissibili in termini ampi: lavori sperimentali o teorici per l’acquisizione di nuove conoscenze, ricerca pianificata per sviluppare prodotti o processi nuovi o migliorati, attività di acquisizione e combinazione di conoscenze per realizzare progetti o prototipi. Restavano escluse solo le modifiche ordinarie o periodiche a prodotti e processi già esistenti.

La prassi coeva, la circolare dell’Agenzia delle Entrate 5/E del 2016 che rinviava alla circolare del Mise n. 46586 del 2009, guardava al Manuale di Oslo dell’Ocse, che misura l’innovazione anche in senso relativo all’impresa, senza richiedere una novità assoluta rispetto allo stato dell’arte mondiale.

Le cose cambiano a partire dal 2018. Prima il Ministero (allora si chiamava Mise, oggi Mimit), con la circolare n. 59990, e poi l’Agenzia delle Entrate, con la risoluzione n. 40/E del 2 aprile 2019, iniziano a individuare nei cinque criteri del Manuale di Frascati – novità, creatività, incertezza, sistematicità, trasferibilità o riproducibilità – il parametro per qualificare la ricerca e sviluppo agevolabile.

La svolta diventa legge con l’articolo 1, comma 200, della legge di bilancio 2020 (legge 160/2019), che introduce dal periodo d’imposta 2020 un nuovo credito d’imposta, distinto da quello preesistente. Il richiamo nominale al Manuale di Frascati nella sua edizione del 2015 e alla nozione di novità assoluta arriva con il DM 26 maggio 2020.

Decine di migliaia di controlli e il contenzioso con le imprese

Il problema nasce quando l’Agenzia delle Entrate inizia ad applicare i criteri nati con la riforma del 2020 anche ai controlli sui crediti maturati negli anni precedenti, quando quei criteri non erano ancora previsti da alcuna norma. Migliaia di imprese che negli anni 2015-2019 avevano utilizzato il credito per innovazioni di prodotto o di processo, nuove per la propria attività ma già presenti altrove sul mercato, si sono viste contestare l’assenza del requisito della novità assoluta, con conseguente recupero del credito, sanzioni e interessi, e in alcuni casi la qualificazione del credito come inesistente, con termini di accertamento allungati fino a otto anni.

Per contenere l’ondata di contenzioso il legislatore introduce con il decreto legge 146/2021 la procedura del riversamento spontaneo: le imprese possono restituire senza sanzioni né interessi il credito 2015-2019 utilizzato in modo non conforme. Il termine, fissato inizialmente al 30 settembre 2022, viene prorogato più volte – al 31 ottobre 2022, poi al 30 novembre 2023, al 30 giugno 2024, al 31 ottobre 2024 – fino alla riapertura decisa dal decreto legge 25/2025, che lo fissa al 3 giugno 2025; la legge di bilancio 2025 riconosce inoltre un contributo in conto capitale, per un totale di 190 milioni di euro, a chi aderisce alla sanatoria.

Le imprese che scelgono invece di non riversare e di affrontare il contenzioso trovano negli anni un orientamento della giustizia tributaria sempre più favorevole: dalla Ctp di Vicenza nel 2021 alla Corte di giustizia tributaria di Roma nel gennaio 2026, passando per Rimini, Reggio Calabria, Latina e Bari, diverse pronunce di merito escludono che il Manuale di Frascati, un documento tecnico mai richiamato dalla normativa applicabile fino al 2019, possa fondare il recupero dei crediti maturati in quegli anni.

Il sistema delle certificazioni e il nodo delle linee guida

Per dare alle imprese uno strumento di certezza preventiva il decreto legge 73/2022, convertito dalla legge 122/2022, introduce all’articolo 23 la certificazione facoltativa del credito d’imposta per ricerca, sviluppo, innovazione tecnologica, design e ideazione estetica: un parere tecnico vincolante per l’Amministrazione finanziaria, rilasciato da soggetti iscritti a un apposito Albo. L’iter attuativo si rivela però lungo: l’Albo dei certificatori è istituito dal Dpcm 15 settembre 2023, mentre le modalità informatiche per l’iscrizione e per la trasmissione delle certificazioni arrivano solo con il decreto direttoriale n. 283 del 21 febbraio 2024; l’Albo diventa operativo il 15 maggio 2024. I modelli di certificazione sono pubblicati il 5 giugno, le Linee guida attuative il 4 luglio 2024.

Ed è proprio su questo documento che si concentra il nodo: contrariamente a quanto si attendeva la maggior parte degli operatori, come raccontato su queste pagine all’indomani della pubblicazione, le Linee guida del 4 luglio 2024 confermano che i criteri del Manuale di Frascati si applicano anche alle attività del periodo 2015-2019, senza distinguere tra la disciplina originaria e quella riformata nel 2020.

E così arriviamo alla sentenza del Consiglio di Stato. È infatti su questa base che il Mimit nega la certificazione alla società che poi ricorre al Tar Lazio, sostenendo che tre dei cinque requisiti del Manuale, novità, sistematicità e riproducibilità, non fossero soddisfatti.

Il Tar accoglie il ricorso dell’azienda con la sentenza n. 15039 del 29 luglio 2025. Pochi giorni prima, il 1° luglio 2025, anche il Mef era intervenuto con un atto di indirizzo del viceministro Maurizio Leo che invitava a non fondare la contestazione di crediti inesistenti su manuali tecnici non richiamati esplicitamente dalle norme allora vigenti.

Le motivazioni del Consiglio di Stato

Il Consiglio di Stato mette sulla questione un punto definitivo, respingendo l’appello di Mimit e Agenzia delle Entrate con un ragionamento che si sviluppa su più passaggi.

Per il quinquennio 2015-2019, scrivono i giudici, il perimetro dell’agevolazione era definito in modo compiuto ed esclusivo dall’articolo 3 del decreto legge 145/2013 e dal decreto interministeriale del 27 maggio 2015, in base al principio secondo cui ogni atto va valutato con le norme vigenti quando è stato compiuto, il cosiddetto tempus regit actum. Il concetto di innovatività, aggiunge il Collegio, si estende anche a processi e procedure, e non solo a prodotti, salvo un’esclusione normativa specifica che per quegli anni non esisteva.

L’argomento decisivo riguarda però la natura del rinvio al Manuale di Frascati introdotto dalla legge 160/2019: se i cinque criteri fossero già stati impliciti nella disciplina previgente, scrivono i giudici, non ci sarebbe stato bisogno di un intervento legislativo per introdurli espressamente come parametro vincolante a partire dal 2020. Il fatto stesso che il legislatore sia dovuto intervenire dimostra che si tratta di una norma innovativa, non interpretativa, e quindi non applicabile ai periodi d’imposta precedenti.

Cade infine anche l’argomento proposto da Mimit e AdE legato alla normativa europea sugli aiuti di Stato: la comunicazione della Commissione del 2014 richiamata dal Mimit nel ricorso, spiegano i giudici del Consiglio di Stato, si riferisce infatti all’edizione 2002 del Manuale di Frascati, che adotta una nozione di ricerca e sviluppo più ampia di quella del 2015, e comunque riguarda gli aiuti di Stato selettivi soggetti a notifica, categoria a cui il credito d’imposta italiano, misura fiscale generale, non appartiene.

Le conseguenze per imprese, certificatori e Fisco

Va detto, per correttezza, che nel diritto amministrativo le sentenze del Consiglio di Stato valgono per la causa concreta decisa, non come fonte vincolante generale per tutti i TAR. I TAR (il tribunale amministrativo di primo grado) non sono quindi formalmente “obbligati” a uniformarsi a questa sentenza del Consiglio di Stato come se fosse una norma.

Fin qui la “regola”. Nella pratica, però, le decisioni del Consiglio di Stato hanno un forte peso nomofilattico e vengono normalmente seguite per coerenza interpretativa.

La sentenza n. 5627/2026 del 14 luglio ha quindi un enorme peso e una ricaduta diretta sul sistema di certificazione introdotto nel 2022.

Le Linee guida del 4 luglio 2024 dovranno essere aggiornate per introdurre un doppio binario temporale: i criteri dell’articolo 3 del decreto legge 145/2013 e del decreto interministeriale del 2015 per gli investimenti 2015-2019, i cinque criteri del Manuale di Frascati per quelli successivi al 2020.

I dinieghi di certificazione finora adottati sulla base dell’applicazione retroattiva del Manuale restano esposti ad annullamento in sede giurisdizionale o a un riesame in autotutela da parte del Mimit.

Sul fronte tributario, la pronuncia del Consiglio di Stato (autorità amministrativa) non vincola formalmente le Corti di giustizia tributaria, che appartengono a una giurisdizione distinta da quella amministrativa. Consolida però un orientamento ormai convergente, e rappresenta un precedente che le imprese con accertamenti pendenti sul credito 2015-2019 potranno far valere per contestare la qualificazione dei crediti come inesistenti e il relativo termine di decadenza di otto anni.

Per i certificatori iscritti all’Albo, infine, la sentenza indica la via da seguire nei dossier relativi al quinquennio: ancorare il giudizio tecnico alla normativa dell’epoca, documentando l’innovazione anche quando resta relativa all’impresa e riferita a un processo più che a un prodotto.

La sentenza n. 5627/2026 del 14 luglio 2026